yooseeさんとこより。「メモ帳や紙を机や膝の上に乗せ、ボールペンを持って口元に当てる」だけでもそれなりの姿には見えるかもしれません。私はSEじゃないけど、やっぱり考えごとしてる時間は長いので、似たようなことをしていたり。ついでに「んー」などと言ってみたりすると効果的（場合によっては逆効果かも）。
紙に落とすより頭の中で考える方がやりやすいという人もいるかもしれないので「腕組みをしてるだけだから休んでるとは限らない」と私などは思ってしまうのですが。とはいえ社風によるところは大きそう。
昔バイトしていたとある会社では「物を考えるために外に出る」というのはごく普通で、誰ともなく「ちょっと公園行って来まーす」と一声かけて20分ぐらいいなくなってるというのはよくありました。出かけた方が頭が切り替わってよいという認識が浸透していたんでしょうね。